早期的诊断和治疗可以帮助自闭症患儿充分发挥潜能。治疗的主要目的是提高患儿的整体生活能力。治疗策略需要根据个人需求和家庭资源进行选择。高度结构化和专业化的治疗通常对患儿的效果最好。例如专门机构、专业人员制定和实行的整套治疗方案。
教育训练疗法
应用行为分析疗法（ABA）：主张以行为主义原理和运用行为塑造原理，以正性强化为主促进自闭症儿童各项能力发展。训练强调高强度、个体化、系统化。
自闭症以及相关障碍儿童治疗教育课程（TEACCH）训练：该课程根据自闭症儿童能力和行为的特点设计个体化的训练内容，对患儿语言、交流以及感知觉运动等各方面所存在的缺陷有针对性地进行教育。核心是增进自闭症儿童对环境、教育和训练内容的理解和服从。
人际关系训练法：包括 Greenspan 建立的地板时光疗法和 Gutstein 建立的人际关系发展干预（RDI）疗法。
地板时光疗法：可以说是一种游戏训练法，通过成人与孩子之间的游戏来增加互动。这一疗法并没有刻意地进行语言和动作的训练，而是更强调孩子的情绪情感的发展。通过建立与儿童的情绪分享与人际关系的连结，找出儿童许多无意义行为背后的意义，在意义的基础上促进儿童的沟通、互动能力，采用跟随儿童兴趣的方式，自然提高了儿童在人际参与的动机。
人际关系发展干预疗法：着眼于自闭症儿童人际交往和适应能力的发展，强调父母的引导式参与，在评估儿童当前发展水平的基础上，采用系统的方法循序渐进地触发自闭症儿童产生运用社会性技能的动机，进而使其习得的技能在不同的情境中迁移，最终让患儿发展出与他人分享经验、享受交往乐趣及建立长久友谊关系的能力。
上述治疗方法在国内一些自闭症康复机构已开展，获取了较好的治疗效果，但还需要进一步研究论证。
药物治疗
目前无特效药可以治愈自闭症，但以下药物可能改善该症的部分症状，并有利于教育训练。具体包括：
抗精神病药物：
利培酮：对自闭症伴发的冲动、攻击、激越、情绪不稳、易激惹等情感症状以及精神病性症状有效。
阿立哌唑、喹硫平、奥氮平等非典型抗精神病药物：在控制患儿的冲动、攻击和精神病性症状也有效。
氟哌啶醇：对冲动、多动、刻板等行为症状和情绪不稳、易激惹等情感症状以及精神病性症状有效，据报道还可改善社会交往和语言发育障碍，但近几年应用减少。
抗抑郁药物：能减轻重复刻板行为、强迫症状，改善情绪问题，提高社会交往技能，对于使用多巴胺受体阻滞剂后出现的运动障碍如退缩、迟发性运动障碍、抽动等也有一定效果。选择性 5-HT 再摄取抑制剂（SSRIs）对自闭症患者的行为和情绪问题有效。如氟西汀、舍曲林、氟伏沙明。
治疗注意缺陷的药物：适用于合并注意缺陷和多动症状者。常用药物如哌甲酯。也可考虑可乐定进行治疗。